martes, 5 de mayo de 2020

Semana 14

Por M. en C. Rafael Govea Villaseñor

Versión 2.0
2019-05-16
Última modificación 2020-05-05

Chicos. 


Espero sigan guardándose en casa. La epidemia aún no termina y después de ella podría sobrevenir un segundo brote. Para que ello no ocurra, debemos comportarnos distinto a como lo hacíamos antes de esta pandemia. 





Porque, además, no será la última. En años venideros tendremos otra epidemia del virus de Gripe. Si modificamos nuestra conducta tal vez podamos detenerla en el lugar donde surja y no se extienda a todo el planeta.



Biodiversidad


La Clasificación de las especies de organismos que han existido y de las que aún sobreviven es un problema científico aún no resuelto del todo. Ahora sabemos que los sistemas de clasificación propuestos en el pasado no cumplen con su primera finalidad de reflejar la historia evolutiva de la Vida. 




Sin embargo, los biólogos aún no nos hemos puesto de acuerdo sobre un esquema de clasificación que refleje correctamente las relaciones evolutivas de todos los tipos de organismos y a la vez, permita una descripción nemotécnicamente eficaz de los millones de especies de seres vivos.




Se han propuesto otros esquemas de 2, 3, 4... 8 o más Reinos, pero sin alcanzar el consenso de la comunidad científica. Los primeros esquemas, como el Haeckel (1866) en el siglo 19 se han mostrado incompletos. Por ello están es desuso.



El esquema de 5 reinos de Whittaker permite conocer un panorama útil de la diversidad. Pero no es una descripción correcta de toda la Biota de la Tierra. No lo es porque no refleja correctamente la evolución de todos los linajes de organismos. Algunos linajes están sobre dimensionados y otros no son visibles, además de ser incompleto. 

Existe el esquema de 3 Dominios  de Woese (1977). Esta opción siendo correcta, no permite por si mismo visualizar con suficiente resolución toda la diversidad de la Biota.

Como ya lo mencioné, los biólogos aún no hemos llegado a un consenso sobre un sistema de taxones que describan correctamente la evolución y sirva para describir mnemotécnicamente un panorama de la biodiversidad tal como la conocemos. Por lo tanto usaremos el esquema de 5 Reinos de Whittaker (1959) para describir la biodiversidad aprovechando el nivel básico del blog y también el esquema de 3 Dominios de Woese. La representación ecléctica de Whittaker+Woese, la vemos en el siguiente esquema:




Esquema de 5 Reinos de Wittaker



Whittaker  clasificó a los organismos recurriendo primero a tres niveles de complejidad:
  • El procariótico. Por poseer células con nucleoide y por tanto, sin núcleo celular.
  • El eucariótico unicelular. Por poseer células eucarióticas (con núcleo y un extenso sistemas de endomembranas). Ademas de vivir solas enfrentando directamente el entorno y
  • El eucariótico multicelular. En este nivel, los organismos están constituidos por la asociación de muchas células nucleadas que enfrentan juntas los cambios ambientales.
 Luego, Whittaker usó el tipo de nutrición presente en cada nivel.

Ello le llevó a proponer el Reino Fungi (nutrición heterótrofa por absorción) a los reinos Animalia (nutrición heterótrofa por ingestión) y Plantae (nutrición autótrofa). Los dos últimos ya eran reconocidos desde hace siglos.

Vean los siguientes ejemplos de organismos de los reinos según Whittaker.

Reino Monera 

El reino Monera fue el primer reino en existir, de allí su nombre (mon- = uno = solitario). Este reino está formado por todos los organismos con células procarióticas, es decir con el material genético directamente en el citoplasma (nucleoide). Los organismos procarióticos pueden ser heterótrofos o autótrofos, móviles o sésiles, aerobios o anaerobios, unicelulares o multicelulares, de vida libre, simbioticos o parásitos y desintegradores o productores de materia orgánica.

Existen 2 linajes principales las Eubacterias (eu- verdadera) y Arqueobacterias (arqueo = viejo). Woese a fines del siglo pasado, propuso crear un nivel taxonomico superior, el Dominio y asignar las bacterias citadas a los dominios, respectivamente: Bacteria y Archaea.

Vean a esta eubacteria patógena unicelular en fotografía de falso color verde, se llama Staphylococcus aureus suele vivir en nuestro cuerpo como microbio amigo y tambien como patógeno:



Vean a esta eubacteria fotosintética multicelular, Anabaena:
Los heterocistos, las células verde-brillantes llevan a cabo la fijación de nitrógeno




Esta arqueobacteria llamada Methanococcus sp. es de vida libre, es un organismo anaerobio (an- = no; aero- = aire [es decir sin oxigeno] y -bio = vida, ser vivo), autótrofo (auto- = por si mismo y trof- = comer) capaz de vivir a alta temperatura en los humeros blancos submarinos:
Usa CO2 para oxidar el H2 y generar energía y CH4 como desecho



Vean a esta arqueobacteria anaerobia: Pyrococcus furiosus:
Fue descubierta en una zona volcánica. P. furiosus es un anaerobio hipertermofilo (hiper- = mucho más, termo- = calor y -filo = amor, afinidad) y usa péptidos y carbohidratos como fuente de carbonos.*
Su temperatura óptima de crecimiento es de 100º C




Reino Protista

En un tiempo se les creyó ser los primeros organismos, de allí su nombre (prot- = primero e -ista = entendido como aumentativo) es decir: los primeros. Este reino, ya había sido propuesto, pero  Whittaker lo concibió conformado por todos los organismos eucarióticos unicelulares. Esta idea resultó poco adecuada porque la multicelularidad evolucionó en muchos linajes diferentes. Lyn Margulis reunió a los grupos unicelulares con sus parientes multicelulares y denominó al reino, Protoctista (octis- = fundador, -ista = como aumentativo) significando los primerísimos fundadores.

Con todo, este reino esta deficientemente definido y suele incorporar a cualquier especie eucariótica que no cumpla con los criterios para ser considerada animal, hongo o planta verde.

Actualmente, todas las propuestas de clasificación dividen a este grupo en 6 u 8 reinos o supergrupos. Conforme avancen los estudios de secuenciación de genomas de especies claves de todos los grupos será posible llegar a un consenso. Por ejemplo. Noten que los reinos Animalia, Fungi y Plantae son solamente ramitas de estos supergrupos.
Baldauf SL 2008 An overview of the phylogeny and diversity of eukaryotes J.Sys.Ev. 46




Los Protistas o Protoctistas pueden ser heterótrofos o autótrofos, móviles o sésiles (sesi- = sentado), aerobios o unos pocos anaerobios, unicelulares o multicelulares, de vida libre o parásitos y desintegradores, consumidores o productores de materia orgánica



Vean al protista fotosintético Pediastrum es un organismo multicelular:




Vean a Volvox otro protista fotosintético multicelular foto y gif animado:
Esta esfera hueca de hasta 50 mil células se llama Volvox

Varios ejemplares de Volvox- animado



Con todo, la mayoría de los protistas son unicelulares como este Stentor (foto y gif animado):







Reino Animalia
De los animales (anim- = ánima, animado) sólo pondré poco material porque son los organismos que más conocen. Somos organismos eucarióticos mayormente pluricelulares con nutrición heterótrofa por ingestion. Móviles y con estructuras sexuales multicelulares.

Un magnífico retrato de un chimpancé perteneciente a nuestra especie hermana:




Reino Fungi
Los hongos son mayoritariamente multicelulares (hay unicelulares) y su cuerpo se llama micelio. Son sedentarios. Vean esta fotografía de alta resolución del micelio:




El micelio (mic- = hongo) es el verdadero cuerpo de los hongos y está formado de Hifas (hif- = tejido fino o delicado), filamentos conformados por cadenas de células alargadas . A veces las hifas también se ramifican como la mostrada en la foto.



Los hongos al tener nutrición heterótrofa por absorción suelen ser parásitos o simbiontes. Las hifas del hongo crecen entre las células de los tejidos y absorben nutrientes. Noten las hifas en el espacio intercelular:




Algo semejante ocurre en los tejidos de la mazorca del maíz cuando el hongo huitlacoche crece en ella:




Los hongos pasan en su ciclo de vida por un estado dicariótico (di- = 2 y cario- = núcleo), Lo que comúnmente llamamos hongo es sólo la estructura reproductora denominada seta (que mal usamos para nombrar a un hongo comestible). Vean estas setas:
Amanita flavoconia.


O estas otras creciendo sobre materia orgánica muerta.






Reino Plantae
Las plantas (plant- = plantar, estar fijo al suelo) verdes son el último reino en evolucionar a partir de protoctistas fotosintéticos que invadieron el medio terrestre hace unos 400 millones de años. Son organismos pluricelulares con nutrición autótrofa. Sedentarios (sésiles).

Vean estas centenas de plantitas que llamamos musgos, Polytrichum commune:


Los helechos son plantas que ya tienen vasos conductores de savia.



Los pinos son ejemplo de las plantas que producen semillas desnudas:




Una tomatera es un ejemplo de una planta con flores, mismas que dan semillas dentro de frutos:



Esquema de los 3 Dominios de Woese

Al secuenciar y comparar el gen del ARN de la subunidad menor del ribosoma de una muestra de especies. Woese y sus colegas encontraron 3 linajes en toda la Vida. Dos de ellos se clasificaban como Monera y el tercer linaje contenía a los 4 reinos restantes, según Wittaker.

Tres linajes de la Vida, según Woese


Woese propuso la creación de una categoría taxonómica superior a Reino, el Dominio. A los dominios procarióticos los él les denominó Bacteria y Archaea. El tercer dominio y último en surgir (cuando aparece la célula eucariótica) se llama Eukarya, mismo que como ya dijimos contiene a todos los reinos eucarióticos según Whittaker.

Versión reciente de los 3 linajes.

Distinguir a los 3 Dominios no es fácil respecto a los Dominios con morfología procariótica. En la siguiente tabla se comparan diversas características:




-
*  Pyroccocus furiosus, en Microbe Wiki. visitado el 22/08/2014: https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Pyrococcus_furiosus

lunes, 4 de mayo de 2020

Semana 13

Evolución Celular

versión 1.0
2020/05/04
Última modificación: 2020/05/05


Chicos.

Espero sigan cuidándose y protegiendo a sus familiares con enfermedades crónicas y con más de 60.




La Vida apareció en la Tierra probablemente hace unos 4.8 Ga, aunque con toda seguridad fue hace más de 3.5 Ga. En el eón llamado Arqueano (arque- = antiguo). 
Representación artística del eón Arqueano



Las primeras células muy probablemente se originaron en el fondo oceánico. En unas estructuras llamadas Chimeneas Hidrotermales Submarinas que aún existen en la actualidad. En estas estructuras existe la fuente de energía química y condiciones termodinámicas adecuadas para impulsar los procesos análogos a los vitales y cuya evolución dió origen a los primeros seres vivos.
Ventosa alcalina de la "Ciudad Perdida" en el fondo del océano Atlántico.



Las primeras células fueron claramente de tipo procariótico.
Células procariotas: pequeñas sin organelos membranosos..


Durante más de 2 mil millones de años (2 Ga) todas las especies formadas por evolución fueron procarióticas. Al estudiar las secuencias del ADN de sus genomas, hoy sabemos que muy pronto la Vida se dividió en dos linajes, Bacteria y Archaea:
Carl Woese (1977) descubrió los dos linajes de especies con células procarióticas.


Las arqueobacterias y las eubacterias no pueden distinguirse visualmente entre sí. Ambos linajes tienen el mismo modo de vida y complejidad procariótica. Las diferencias entre ellas son profundas pero a nivel de sus secuencias de ADN y a nivel molecular. Por ello, es difícil hablar de ellas de un modo que tenga sentido y sea comprensible para los conocimientos previos de los estudiantes de bachillerato. Solamente como una probadita mencionamos:
Algunas diferencias entre las arqueobascterias y eubacterias.


Desde un tiempo muy lejano los dos linajes se separaron y siguieron divergiendo evolutivamente. En algún momento no más de hace 2 Ga apareció la célula Eucariótica. Con la fusión de dos organismos unicelulares procarióticos (endosimbiosis): una arqueobacteria y una eubacteria cuya evolución dio lugar una estructura celular nueva, capáz de mayores posibilidades morfológicas y de complejidad.
Fusión celular más probable, según lo que sabemos ahora.



La coevolución de ambas células dió origen a la célula eucariótica donde aún podemos reconocer a la eubacteria ancestral en las mitocondrias.


Así la Vida en la Tierra, entre hace 1. y 2 Ga, estaba representada por tres dominios según Woese:
Aunque al principio sólo existían organismos unicelulares eucarióticos del Reino Protista, según Whittaker.



Y dos Reinos según Whittaker: Monera y Protista.
Reino Monera.

Un ejemplo de organismo del Reino Protista.


Durante varios cientos de millones de años, a partir de la primera célula eucariótica evolucionaron muchos linajes de protistas y en algún momento de la coevolución de un protista con una cianobacteria aparecen las células eucarióticas fotosintéticas (algas). Las cianobacterias devienen con el tiempo en cloroplastos. 




Más tarde, hace unos 800 a 600 Ma, con la evolución de la multicelularidad y el desarrollo embrionario aparecieron los linajes que Whittaker denominó Reinos: Fungi, Animalia y Plantae.
Esquema de 5 Reinos según Whittaker


Endosimbiosis en Eukarya dando origen a diferentes tipos de algas




sábado, 25 de abril de 2020

Semana 12

Por M en C Rafael Govea Villaseñor
Versión 4.1
Última modificación: 2020-04-25


Chicos:

Seguimos en Suspensión de Clases Presenciales. Estamos en los momentos más álgidos de la Pandemia del SARS-CoV-2. Espero que se estén cuidando y protegiendo a sus familiares mayores. Salgan para lo absolutamente necesario, guarden su distancia, no se toquen la cara y lávense con frecuencia. En caso de tener síntomas de resfriado, guárdense en casa lejos de los mayores. Llamen a la UIES (Unidad de Inteligencia Epidemiológica y Sanitaria) para instrucciones.


Flujo de Información


Las células son sistemas abiertos que intercambian masa y energía con su entorno. Los sistemas abiertos en estado estacionario tienen la propiedad intrínseca de alejarse del equilibrio termodinámico desplazando hacia su periferia al desorden (entropía) que se genera en cada proceso que ocurre en su interior.



Las células a lo largo de su evolución han adquirido la información que les permite aumentar su orden interno a costa de desordenar su medio. La Vida es la expresión de dicha información que se almacena y se transfiere de unas moléculas a otras.

La información genética se almacena a largo plazo en el Ácido Desoxirribonucleico (ADN) y consiste en las instrucciones para construir las macromoléculas que participan en casi todos los procesos celulares, los diversos tipos de ARN, las Proteínas y de manera más indirecta, también los Polisacáridos.


El "hilo" que se ve en esta microfoto es el ADN de la bacteria E. coli.


La secuencia de pares de bases del ADN almacena también la información de cuándo, cuánto, dónde y en respuesta a qué circunstancias del entorno se deben producir las decenas de miles de especies diferentes de proteínas que cada célula requiere para vivir.
Producción de una proteína en respuesta a  la presencia de una hormona




Las proteínas se asocian por complementaridad de superficies determinando los procesos celulares. Formando complejas redes de interacciones que terminan construyendo a los organismos, determinan su funcionamiento y su apariencia (fenotipo).
Arriba el SARS-CoV-2, abajo una célula del epitelio respiratorio. De rojo el Trímero de la proteína S viral y de azul la proteína ACE-2 humana.




Vean por ejemplo el primer mapa de interacciones entre las proteínas humanas (http://www.mdc-berlin.de/en/news/2008/20080910-erwin_schr_dinger_prize_2008_goes_to_resea/).

Cada punto es una proteína y cada línea es una asociación. El estudio encontró 3200 asociaciones entre 1700 proteínas, sólo una pequeña fracción de las proteínas humanas:

Cada punto una proteína y cada línea una interacción


El fluir normal de la información sigue el siguiente esquema:



El ADN almacena información usando 4 "letras químicas" que son las bases nitrogenadas G (guanina), A (adenina), C (citosina) y T (timina) de sus nucleótidos.  El ADN es una doble hélice hecha de pares de bases de nucleótidos A=T y G=C que unen sendas cadenas de nucleótidos mediante enlaces fosfodiéster:






El ADN tiene dos cadenas complementarias de nucleótidos que son moldes recíprocos: La cadena sentido en dirección 5' ---> 3' y la cadena antisentido en dirección opuesta 3' ---> 5'.





La síntesis de una cadena de ADN requiere una cadena molde y los 4 nucleótidos activados, es decir en forma de: dGTP, dATP, dCTP y dTTP. La adición de cada nucléotido sólo ocurre en el extremo 3' de cada cadena.






Toda célula procede de otra célula progenitora y recibe de ella su información genética. Así pues, antes de cada división celular ocurre la Replicación del ADN. Las dos cadenas del ADN se separan y sirven de molde para rehacer las cadenas complementarias:

La G empareja a la C, la A a la T y viceversa:



                                                 5'TATgCgTAAAgCTTC3'
                                                 __________3'TTCgAAg5'

                                     --->
5'TATgCgTAAAgCTTC3'
3'ATACgCATTTCgAAg5'
                                    --->
                                                5'TATgC3'____________
                                                3'ATACgCATTTCgAAg5'


Lo mismo, esquemático y animado:


Ahora la replicación del ADN en 3D y animado:
Verde = helicasa, beige = ADNpol, rosa = primasa



Así se forman dos moléculas idénticas a la original aunque cada una de ellas tiene una cadena vieja y otra nueva (replicación es semiconservativa). De ese modo cada célula hija tendrá, luego de dividirse, la información para fabricar las macromoléculas necesarias para funcionar.
Tres células en división mitótica



Cuando la célula requiere de una proteína o de un ARN funcional, entonces copia el gen correspondiente, pero usando un "alfabeto" distinto. En vez de GACT del ADN usa GACU del ARN. 

El proceso se llama Transcripción del ADN porque se escribe la misma información, pero usando un conjunto de "signos" un poco distinto. En vez de T se usa U.




Como puedes ver en la imagen de arriba, la cadena antisentido es el molde para elaborar el ARN (transcripción) que crece por su extremo 3'. 



Copia a un procesador de textos la siguiente molécula de ADN y debajo de la cadena antisentido escribe la secuencia de ribonucleótidos de unidos durante la transcripción del ADN. Luego envíame tu ejercicio al grupo KIK
Escribo 4 nucleótidos de ejemplo y el símbolo de la guanina con "ge minúscula" para no confundir con la C de la citosina.

Muestro la cadena sentido en naranja, la cadena antisentido en verde y el ARN en azul.

5'TATgCgTAAAgCTTCgCTACgATCCgTAgCUCgACCATCgA3'
3'ATACgCATTTCgAAgCgATgCTAggCATCGAgCTggTAGCT5'
5'UAUg...


En las células, muchas de las moléculas de ARN fabricadas son de ARN ribosomal (ARNr) que se ensamblan con decenas de proteínas para constituir los ribosomas (las "máquinas" que fabrican proteínas) catalizando la formación del enlace peptídico, otras son de ARNt (de transferencia) cuya función es transportar cada uno de los 20 tipos de aminoácidos proteicos al ribosoma y leer las instrucciones del ARN mensajero (ARNm).

Las moléculas ARN mencionadas antes se llaman no codificantes (nc) porque no dirigen la síntesis de proteínas como el ARNm (m = mensajero. Recientemente se han descubierto muchas moléculas de ARNnc distintas que participan en la regulación de distintas fases del flujo de información y también en la defensa antiviral de las células.

La mayoría de las moléculas de ARN parecen pertenecer a la clase codificante, el ARNm. Estos, son una especie de "planos" de las proteínas que contienen el nombre (o codón) de cada uno de los aminoácidos que deben de ser unidos para fabricar los miles de proteínas que requiere una célula para funcionar.





En el ARNm se encuentra codificada la secuencia de aminoácidos que debe unir el ribosoma como una serie de tripletes de nucleótidos llamados codones. Hay 64 codones posibles y sólo 20 aminoácidos proteicos. Así que hay codones sinónimos para casi todos los aminoácidos. 

Por ejemplo: el codón GGG = glicina, GGU = glicina y UUU = fenilalanina o UUC = fenilalanina. 





El esquema que contiene todos los codones y su equivalencia se llama Código Genético que es prácticamente Universal. En el esquema se especifican en círculos concéntricos la primera "letra": G, A, C o U; la segunda: G, A, C o U, la tercera "letra" de cada codón (también G, A, C o U) y el aminoácido que codifica. 

En el esquema circular mostrado abajo, los codones se muestran radialmente desde el centro hacia afuera. Los aminoácidos se escriben con su  símbolo de 3 letras. Los colores muestran el tipo de aminoácido:





Por ejemplo:



Ahora, traduce el pequeño trozo de ARN que simula ser un ARNm. Cópialo al procesador. Usa el código genético. Busca el codón de inicio y a partir de ese triplete coloca el símbolo de tres letras del aminoácido correspondiente. Precisamente como se muestra en la figura de arriba. Luego envía el ejercicio junto con el anterior a mi Kik.

5'UAACGAUgUUAgCggUgAUgUggCUAUggggCUAUUAAG3'
Proteína:


Traducción. ARNm, amarillo; ARNt, verde; Ribosoma, azul y Proteína, rojo





Ahora, vean los videos siguientes. Fíjense en las imágenes. No importa si no entienden inglés:


Replicación: ADN --> 2ADN





Transcripción: ADN ---> ARN


Este otro video con subtítulos sobre transcripción:


Un tercer video sobre transcripción:



Traducción: ARNm -----> Proteína
 





Otro video sobre la traducción o síntesis de proteína:

miércoles, 15 de abril de 2020

Semana 11



Divisiones Celulares

Versión 2.1
Última modificación: 2020-04-15

Chicos:

Espero se estén guardando en casa. Saliendo exclusivamente por necesidad. También deben cuidar a sus familiares mayores y con enfermedades crónicas (hipertensión, diabetes y obesidad). Ya saben: Lavándose las manos unas 15 ó 30 veces según lo que hagan, limpiando superficies con agua y jabón. También aplicando la sana distancia (más de 5 cuadritos por favor).




Regresando a nuestra materia, esta semana comprenderán cómo las células se multiplican (obviamente dividiéndose).




La Reproducción (re- = volver, repetir, prod- = hacer y -cion = proceso) es un proceso biológico esencial para la existencia de las especies. A contra pelo, la reproducción NO es un proceso vital. Ningún organismo fallece por no haberse reproducido. 

Incluso, ni siquiera la mayoría de los organismos logra alguna vez tener descendencia. De allí que de acuerdo a las condiciones del microambiente que le rodea de manera específica, éste selecciona a los organismos que han de heredar los genes de la siguiente generación haciendo posible la Evolución de las especies. Tópico que estudiarán, en Biología dos.

Mencionamos la reproducción y su relevancia porque durante casi 3 Ga (3 mil millones de años) todos los organismos existentes eran unicelulares. En estos seres la División Celular, tema de esta semana, era también el modo de reproducción. Solamente en los últimos 600 Ma (millones de años), al aparecer los organismos multicelulares, la división celular dejó de ser equivalente a la reproducción y fue coptada como medio de otros procesos como el desarrollo embrionario, crecimiento y la reparación de los organismos.


Ahora si, entremos en el tema, revisen las diapositivas de la siguiente presentación:




Ahora visiten la siguiente página .


Nos vemos en el día y la hora clase para su examen de Socrative Student. Ojalá no hayan olvidado entrenar durante estas NO-vacaciones según el horario especificado en mis mensajes de KiK.

CG2: Un poco de música:

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